左、右心房中隔有了破洞的时候，称为「心房中隔缺损」。因左心房压力较大，部分干净血会循着破洞冲到右心房。这些多余的血送到右心室之后，仍然要再送到肺部，如此右心的工作量增加了 ，经年累月便造成右心的肥大，而送往肺部的通道-「肺动脉」-也因此膨大。

病童在婴儿期不易出现症状，但随着年龄的增加，如果血液流量增大，送到肺部的血液增多， 造成肺部充血，小孩会有呼吸急迫，运动时呼吸困难或疲倦的现象，且易罹患上呼吸道的感染，而右心也越来越扩大。当右心扩大到一个程度，心脏衰竭就出现了。

病童此种缺损多是单独存在，很少再合并其他畸型。开刀成功率相当大，手术过程也相当简单。目前医界的主张是，如果发现了此种缺损，即使没有症状（若分流量 Qp/Qs比超过1.5）， 也该在孩童期，学龄前开刀修补。近年来由于心导管的技术不断的进步，直径小于三公分第二型的缺损，也可以选择使用「安普拉兹心房中隔缺损关闭器」来关闭缺损，是一种较为简便的治疗方式。

当心脏病童仅是小型心房中隔缺损时，是不需要限制活动的。若病童有明显的肺高压或有右向左的分流情形，仅能从事「轻度等长-轻度动态运动」的运动。 若已发生严重明显发绀及大量右向左分流，则病童不适合进行任何运动。心房中隔缺损修补后如果没有肺高压、心律不整或心脏功能不良等情形，病童于修补后六个月就可以不再限制活动了。